Selvom Eckhouts tidlige karriere og kunstneriske uddannelse er ukendt, blev han født i Groningen som søn af Albert Eckhourt og Marryen Roeleffs .
De fleste af de værker , der er krediteret ham, er ikke signerede . Han var blandt de første kunstnere fra Europa , der malede scener fra den nye verden . Johan Maurits , prins af Nassau-Siegen, den hollandske generalguvernør i Brasilien, bragte ham og sin malerkollega Frans Post til Hollandsk Brasilien , så de kunne dokumentere nationens topografi, mennesker, flora og dyr.
Derudover er Eckhout kendt for sine stillebenmalerier af frugt og grøntsager fra Brasilien . Hans malerier var beregnet til at blive brugt som indretning .
Overraskende nok var få af Eckhouts kunstværker mærket eller dateret. Selvom de fleste sandsynligvis blev malet i Brasilien, blev andre færdiggjort efter hans tilbagevenden til Europa. Han ser ud til at have lavet et omfattende antal forberedende portrætter , mens han var i Brasilien. Derudover baserede andre specialister deres værker på Eckhouts lærreder og tegninger. Til tider er det ikke helt klart, hvilke lærreder der er kopier , hvilke der blev lavet under hans opsyn, og hvilke der er hans ejendom . I forlængelse heraf var Eckhouts kunstværk præmissen for mange af træsnittene i Caspar Barlaeus' Rerum per octennium i Brasilia (1647) og Johannes de Laets Historia naturalis Brasiliae (1648).
Sidstnævnte omfattede 533 træsnit og distribuerede noter af den tyske naturforsker, geograf og kosmolog Georg Marcgraf om Brasiliens fauna og grønne områder , samt et segment om medicin af den hollandske læge Dr. Willem Piso, som begge havde tjent Maurits i Brasilien. Udgangspunktet for disse træsnit var mere end 800 skildringer , de fleste af dem sandsynligvis af Eckhout.
Disse værker udgjorde senere en del af den samling, som Maurits solgte til hans fætter Friedrich Wilhelm, der var parlamentsmedlem i Brandenburg. De har bevaret som Håndbøgerne (to bind akvareller), Theatri rerum naturalium Brasiliae (fire bind, for det meste oliekunstværker ) og Miscellanea Cleyeri. Disse samlinger, der engang var opbevaret i Berlin, forsvandt under Anden Verdenskrig.
